Das zwischen 1230 und 1240 gegründete Franziskanerkloster wurde beim großen Stadtbrand im Jahr 1659 vollständig zerstört. An seiner Stelle entstand ein neues Fachwerkgebäude, das früher als Armenhaus diente.

Das jetzt freigelegte rund 30 Meter lange Fundament stammt aus der Mitte des 13. Jahrhunderts und somit aus der Gründungszeit des Klosters. Im Zuge der Grabungen wurden auch zwei erstaunlich gut erhaltene gemauerte Bögen eines Kellergewölbes entdeckt, das drei Meter tief in den Boden geht.

Die Gründung des Stader Franziskanerklosters St. Johannis ging vermutlich auf Abt Albert zurück, einen Bremer Domherren und späteren Geschichtsschreiber. Er schrieb um 1250 die "Annales Stadenses" im St. Johanniskloster zuende. In diesem Werk gibt es einen spielerischen Dialog zwischen zwei Klosterbrüdern über eine Reise von Stade nach Rom. Die Geschichte war wahrscheinlich als Wegweiser für damalige Wanderer gedacht.